2. Sezon 9. Bölüm: Unearthed
Peşindekinin kim olduğu hakkında bilgi edinmeye çalışan Michael, bu amaçla Mahone’nin karısıyla yakınlaşır. Bu arada L.J. ve Lincoln oldukça zorlu bir yolculuk geçirmektedir ve neredeyse artık yolun sonuna gelmişlerdir. T-Bag’i ise kötü bir sürpriz beklemektedir. Paranın yerini öğrenmek için her şeyi göze alan Bellick onu tuzağa düşürür. Öte yandan C-Note karısı, kızı ve onun kocası arasında bir seçim yapmak zorunda kalır.
2. Sezon 10. Bölüm: Rendezvous
Michael, Sara’yla tekrar bir araya gelir. Öte yandan Mahone ve Kellerman, onların birbirlerinden uzak durmaları için ellerinden ne geliyorsa yapacaklardır. Bu arada LJ’le yolculuk eden Lincoln babasıyla buluşur. Sucre ise Maricruz’la bağlantıya geçmeye çalışmaktadır. Öte yandan T-Bag’in de uzun zamandan sonra bir araya geleceği kişiler vardır.
2. Sezon 11. Bölüm: Bolshoi Booze
Michael parasının iyice tükendiğini anlar. Daha sonra kiliseye gidip günah çıkartır. Kellerman ise önceki bölümde yakaladığı Sara’ya işkence yapar. Çünkü onların komplosunu ortaya çıkartacak ses kaydının onda olduğunu sanmaktadır. Mahone’u kilitli bulunduğu yerden Ajan Kim çıkartır ve Lincoln ve Scofield’ın yerini bulmak için 2 saatinin olduğunu söyler. Mahone bir süre sonra Bolshoi Booze’nin anlamını çözer. T-Bag ise kurtulmayı başarır ve Roy Geary’yi bulur. Lincoln ve LJ ayrılırlar. Lincoln, Michael ve Sucre buluşurlar. Michael ve Aldo Burrows yüzleşirler. Kellerman Ajan Kim’den Sara’yı öldürme emrini alır. Onu küvette boğarak öldürmeye çalışır.
2. Sezon 12. Bölüm: Disconnect
Michael, Lincoln, onların babası ve Sucre kaçış için ayarladıkları uçağa doğru son sürat yola koyulurlar. Bu arada da Mahone onların geride bıraktıkları izleri takip etmektedir. Michael’ın babasıyla tekrar bir araya gelişi geçirdiği zorlu çocukluk yıllarının aydınlanmasına yardımcı olacaktır. Öte yandan Bellick ve Kellerman’ın hayatındaki kadınlar, erkeklerini günahlarını itiraf etmeye zorlayacaktır. Sağlıkla ilgili acil bir durum sebebiyle C-Note her şeyi riske atmak zorunda kalacaktır.
2. Sezon 13. Bölüm: The Killing Box
Bellick eve yani Fox River’a mecburi dönüşünden dolayı hiç de mutlu değildir. Öte yandan Michael ve Lincoln da benzer şekilde bir çeşit eve dönüş yaşayacaktır. Mahone ve Kellerman ise Michael ve Lincoln’ın yolculuklarını sağ tamamlayamamaları için ellerinden gelen her şeyi yapmaya kararlıdır. Sucre’ın kaçış uçağında bir takım sorunlar yaşanacaktır. T-Bag ise Bayan Hollander’a hiç beklenmedik bir ziyarette bulunur.
2. Sezon 14. Bölüm: John Doe
Bellick kaptan olduğunda dağıttığı ilaçtan kendi de kullanır ve yanlış suçlunun nehri geçmesine yardımcı olur. Bu arada ajan Mahone’nin eski eşi tekrar ortalarda görünmeye başlar. Kellerman, Michael ve Lincoln’ı Steadman’la karşı karşıya getirir. Ancak planları bir anda altüst olur.
2. Sezon 15. Bölüm: The Message
Polis, Michael ve Lincoln’ı dışarı çağırıp teslim olmalarını isteyince Michael bir plan geliştirir. Kellerman, FBI rozetini gösterip onları motelden çıkarırken görevlilerden biri şüphelenir ve Kellerman’ın silahını çekip bir kameramanı rehin almasına sebep olur. Lincoln da silahını çeker ve Michael’la beraber Kellerman’ı da alarak tekrar kaçmaya başlarlar. Öte yandan Mahone işe geri döner ve son gelişmeleri öğrenir. Fena halde dövülen Bellick ise gözlerini Fox River Hapishanesi’nin revirinde açar. Bu arada Michael ve Lincoln ulusal televizyonda hikâyelerini anlatmayı başarmıştır ve Michael televizyon aracılığıyla Sara’yla tekrar buluşmalarını sağlayacak gizli bir mesaj göndermiştir. Öte yandan Meksika’daki Sucre ise kendine bir araba edinir, ancak başı polislerle derde girer.
